In Trepang2 schlüpfst du in die Rolle von Subject 106, einen Probanden mit Amnesie, der in einer streng bewachten Einrichtung der Corporation Horizon weggesperrt ist. Dieses Unternehmen betreibt geheime Experimente und scheint deine Erinnerungen manipuliert zu haben. Eines Tages wirst du von einer mysteriösen Gruppe namens Task Force 27 befreit. Fortan kämpfst du nicht nur um deine Freiheit, sondern suchst auch nach der Wahrheit hinter den Machenschaften von Horizon. Auf dem Weg dorthin stößt du auf übernatürliche Elemente, geklonte Soldaten, Machtspiele und Intrigen.